De planten van de waterviolier hebben lange wortels die in de onderwaterbodem zijn gegroeid.

De bladeren van de soort zijn kamvormig en veerdelig, met lijnvormige slippen.

Ze vormen onderwater een rozet.

De bladloze bloeistengel kan 20 - 60 cm lang zijn.

Het gedeelte dat boven water uitsteekt, de bloemstelen en de kelk zijn klierachtig behaard.

De bloemkroon is bleek lila tot wit, met een dooiergele keel.

De doosvruchten gaan met vijf lengtespleten open. 

De plant is een bewoner van vvoedselarme wateren in laagvlaktes.

In Vlaanderen is de plant vrij algemeen in de Kempen en in de Zand- en Zandleemstreek.